3DSエミュ Citraのユーザーフォルダ設定と保存場所について
Citraに限った話ではありませんが、エミュレータの正式版（安定版）と開発版、または特定のバージョンを別フォルダにして使い分けている方は多いのではないかと思います。
そうした場合、エミュレータの設定でユーザーフォルダのパスが指定出来れば、ファームウェアやセーブデータを共有する事が可能ですが、その設定が出来ないとそれらのファイルは全て別管理となります。
Citraのユーザーフォルダ保存場所
以前は初回起動時に本体と同じ場所にユーザーフォルダを作成してくれましたが、いつだったかの仕様変更でWindowsの場合は
C:\Users\ユーザー名\AppData\Roaming\Citra
に作成するようになりました。
現在はこの仕様によって、CanaryやNightly・非公式ビルドなど全てのバージョンで同じユーザーフォルダを参照するので、特に何かしなくてもCitraの設定ファイルやセーブデータを共有する事が出来るようになっています。
ユーザーフォルダを別管理にしたい場合
何か特別な理由があってユーザーフォルダを分けて使用したい場合は、Citra本体と同じ場所にuserという名前の空フォルダを新規に作成してからCitraを起動すると、そのuserフォルダの中にユーザーデータを作成して共通のユーザーフォルダは見に行かなくなるので、他のバージョンのCitraとは設定やセーブデータなどを別管理にする事が出来ます。
どうしてもこのソフトだけはこのビルドで、この設定でやりたいんだーという場合は、その為に専用フォルダを作るのもありだと思いますよ？
セーブデータを使い分けたいだけなら
面倒と言えば面倒ですが、セーブファイルそのものをコピーしたり、リネームするなんてのはPCならいくらでも簡単に出来る事なので、プレイする前に使用するデータは本来の正しい名前にして、使用しないデータはリネームしておくという方法もあります。
セーブデータフォルダの開き方
Citra起動時のゲームリスト画面で、セーブデータフォルダを開きたいソフトの上で右クリック > Open Save Data Locationをクリックすると該当ソフトのセーブデータフォルダが開きます。
あとはバックアップを取るなり、分岐毎のセーブデータをリネームして保存しておくなりお好きなようにどうぞ。こういった事が出来るのがエミュレータならではのメリットですねぇ。